Da anni Amnesty International (AI) agisce affinché le persone lesbiche, gay, bisessuali e transgender (Lgbt) possano godere degli stessi diritti riconosciuti a ogni persona, senza pericolo né discriminazione da parte delle autorità statali o di altri soggetti. A tutti gli stati, AI chiede un impegno effettivo perché le persone Lgbt non siano vittime di discriminazione nelle proprie comunità, perché possano godere degli stessi diritti di ogni altro cittadino e possano esprimere liberamente e pacificamente la propria identità, sottolineando che l'orientamento sessuale e l'identità di genere, al pari dell'origine etnica, del genere o della nazionalità, fanno parte dei caratteri fondamentali dell'individuo.
 
AI ha cominciato ad occuparsi delle violazioni perpetrate ai danni della comunità Lgbt nel 1979 adoperandosi, in un primo momento, in favore di quanti avevano lottato per l'affermazione dei diritti di gay e lesbiche e che per questo erano stati imprigionati. In seguito, AI ha modificato il suo mandato e le sue modalità di intervento in favore di una maggiore protezione legislativa dei diritti degli omosessuali: dal 1982 l'organizzazione condanna le cure mediche imposte per cambiare l'identità sessuale mentre dal 1991, anno del Consiglio internazionale di Yokohama, I'associazione ha esteso la propria missione impegnandosi in difesa delle persone Lgbt trattenute, imprigionate o condannate a morte sulla base del proprio reale o presunto orientamento sessuale e/o identità di genere. AI considera queste persone "prigionieri di coscienza" e ne richiede il rilascio immediato ed incondizionato.

AI si adopera affinché i governi rispettino i diritti umani e adeguino le proprie legislazioni alle norme internazionali, abrogando quelle leggi che potrebbero portare alla detenzione o alla discriminazione di persone a causa della propria identità di genere e/o orientamento sessuale.

Le richieste di AI sono:
la decriminalizzazione dell'omosessualità; l'abolizione della pena di morte per i reati legati all'orientamento sessuale, l'abolizione della tortura e di ogni altra punizione crudele inumana e degradante; l'abolizione dei trattamenti medici coatti e di qualsiasi discriminazione legata all'Aids.
 
AI si adopera, inoltre, per assicurare che la salute sessuale e riproduttiva, l'assistenza sanitaria, i trattamenti e le cure rispettino l'orientamento sessuale e l'identità di genere, e siano accessibili a tutti senza discriminazione. AI chiede di porre fine alle discriminazioni fondate sull'orientamento sessuale e/o sull'identità di genere in materia di unioni civili e di riconoscere le famiglie di fatto; ritiene, inoltre, che i richiedenti asilo che corrono dei pericoli nei loro paesi d'origine a causa del loro orientamento sessuale e/o identità di genere abbiano diritto a un equo trattamento e sostiene le organizzazioni di difesa dei diritti umani di persone Lgbt; chiede infine che venga garantita la libertà di espressione, di associazione e di manifestazione.

La discriminazione nei confronti della comunità Lgbt si manifesta in molteplici forme. Nel 2007 in Indonesia due uomini sono stati aggrediti nella loro camera da letto da sconosciuti, sono stati picchiati e umiliati. Una volta portati alla stazione di polizia di Banda Raya i due hanno continuato a subire violenze da parte di alcuni agenti.
In Camerun, dove l'omosessualità è considerata reato, l'omofobia è fortemente diffusa e nel 2006 un anonimo, dichiaratosi rappresentante di un'organizzazione giovanile, ha pubblicato un memorandum sui giornali locali chiedendo ai camerunensi di non "tollerare" l'omosessualità e invitandoli a denunciare i gay e le lesbiche alle autorità.
Anche negli stati in cui l'omosessualità è legale, AI ha riscontrato violazioni dei diritti umani delle persone Lgbt, come accaduto a New York nel 2006 quando si sono registrate violenze ai danni di donne transgender da parte di singoli cittadini e rappresentanti delle forze di polizia.

In più di 80 paesi l'omosessualità è criminalizzata; in sette di questi ovvero Arabia Saudita, Iran, Mauritania, Qatar, Sudan, Yemen e negli stati della federazione della Nigeria che applicano la sharia i rapporti fra persone dello stesso sesso vengono puniti con la pena di morte. Nel Rapporto annuale 2009 AI ha denunciato violazioni dei diritti umani, aggressioni, intimidazioni o discriminazioni legali nei confronti di persone Lgbt in almeno 25 paesi: Australia, Bielorussia, Bosnia ed Erzegovina, Bulgaria, Camerun, Egitto, Gambia, Giamaica, Grecia, Honduras, Iraq, Lettonia, Lituania, Marocco/Sahara Occidentale, Moldova, Nigeria, Polonia, Romania, Russia, Rwanda, Senegal, Sud Africa, Turchia, Uganda e Ungheria.